La Fundación Misión José Gregorio Hernández está dirigida por un Consejo Directivo, que es la máxima autoridad de la organización. Este consejo está conformado por cinco (05) miembros principales, quienes son designados de manera libre y pueden ser removidos según sea necesario. Uno de estos miembros actúa como Presidente Ejecutivo, nombrado directamente por el Presidente de la República. Los demás integrantes del consejo son designados por el Ministro o Ministra del Poder Popular del Despacho de la Presidencia y Seguimiento de la Gestión de Gobierno
